Самым известным его произведением стал цикл стихов для детей "Шестнадцатая овца", который приобрел культовый статус.

Гефен родился в 1947 году в мошаве Нахалаль. Его дядей был один из командиров "Хаганы" Моше Даян, который станет начальником генерального штаба, министром обороны и министром иностранных дел. Был призван в армию в 1965 году, воевал в Войну Судного дня, которая стала для него серьезной травмой.

Йонатан потерял мать во время службы в армии. После демобилизации он переезжает в Тель-Авив и посвящает себя журналистике и литературной деятельности. Гефен достаточно быстро получает известность как поэт. В 1977 году выходит его дебютный роман "Молочные зубы". Отметим, что сын Йонатана - израильский поэт Авив Гефен.

Писатель был также известен леворадикальными взглядами, из-за которых он даже получал угрозы. В 2018 году он опубликовал поэму, в которой сравнивал Ахэд Тамими, палестинку, напавшую на израильских военнослужащих, с Ханой Сенеш - казненной нацистами поэтессой и активисткой "Хаганы".